♥FC Jon Groff♥

Jonathan nació en Lancaster (Pensilvania). Sus padres son Jim, un entrenador de caballos, y Julie, una profesora de gimnasia. Tiene un hermano mayor, David. Acerca de su crianza y educación, dijo "El lado de la familia de mi mamá es Metodista, que fue cómo me criaron. Fue conservador tener fuertes valores-sentarme en la mesa y comer con la familia todos los días, escuchar a la autoridad e ir a la iglesia cada semana y tener una perfecta asistencia en la escuela dominical-. Pero al mismo tiempo, mis padres siempre animaban a mi hermano y a mí a ser feliz con lo que hacíamos. Mis padres fueron atletas en la secundaria; mi mamá y mi papá eran las estrellas del equipo de baloncesto, pero nunca empujaron ni a mi hermano ni a mi a ser algo que no quisieramos ser. Jonathan se graduó en la Conestoga Valley High School en 2003.
Jonathan le dijo a Broadway.com en la Marcha Nacional por la Igualdad en Washington, D.C., que él es "gay y orgulloso de serlo".